軍事屋の使い走りだった菅義偉内閣による日本学術会議の会員任命拒否問題にたいして、抗議や懸念を表明した団体が、２９日までに1349にのぼっている。
「学問の自由」への侵害を批判すると同時に、ひいては大学のあり方、民主主義の危機だととらえているのが特徴で、国際的な批判も高まっている。
学者・研究者の団体である学協会（学会）が１０６２、大学・大学人関係が７８、法曹関係が６２、労組・諸団体が１４７。問題発覚から３カ月で学会全体（２０６５）の過半数に達するなど、危機感はかつてないものとなっている。
人文・社会科学系の３１０学会は共同声明を英語でも発表。「かつてのような言論統制の時代に一気に転げ落ちるのか。日本社会は重大な岐路にいる」（日本近代文学会運営委員長の佐藤泉・青山学院大教授、２日の記者会見で）と警鐘を鳴らした。
１４０以上の国や地域を代表する学術団体が加盟する国際学術会議も、菅内閣の決定が「日本における学問の自由に与える影響をきわめて深刻に捉えている」との書簡を日本学術会議に発出（１１月１７日付）した。
